Το υπερηχογράφημα Β’ επιπέδου γίνεται στις 20-24 εβδομάδες και περιλαμβάνει μια σειρά μετρήσεων για τον έλεγχο της ανάπτυξης του εμβρύου, του πλακούντα, της ποσότητας του αμνιακού υγρού και τον αναλυτικό έλεγχο των περισσότερων οργάνων του εμβρύου για την
παρουσία πιθανών ανατομικών ανωμαλιών.

Τα όργανα που ελέγχονται είναι το κρανίο, ο εγκέφαλος, το πρόσωπο, η σπονδυλική στήλη, οθώρακας, η καρδιά, η κοιλιά, οι νεφροί, η ουροδόχος κύστη και τα άκρα.

Το υπερηχογράφημα Β’ επιπέδου ελέγχει το 70% των σοβαρών συγγενών ανωμαλιών και εως και το 40% των ελαφρών συγγενών ανωμαλιών. Δεν είναι δυνατόν να διαγνωστεί νοητική καθυστέρηση και σπάνια γενετικά σύνδρομα. Ελέγχονται επίσης δείκτες (σημάδια) χρωμοσωμικών ανωμαλιών (π.χ. για το σύνδρομο Down).

Δεν μπορεί όμως να αποκλείσει το σύνολο των ανωμαλιών και δεν είναι δυνατόν να εγγυηθεί τη γέννηση ενός φυσιολογικού παιδιού. Κατα συνέπεια, η εξέταση αυτή συμπληρώνει τον έλεγχο που ξεκίνησε με το υπερηχογράφημα αυχενικής διαφάνειας στις 11-14 εβδομάδες, όσον αφορά την τελική εκτίμηση της πιθανότητας για σύνδρομο Down.

Περαιτέρω έλεγχος κατά τη διάρκεια του υπερήχου γίνεται για:

1) τη ροή του αίματος στις μητριαίες αρτηρίες (Doppler μητριαίων) και εαν οι αντιστάσεις
είναι αυξημένες, υπάρχει μεγαλύτερη πιθανότητα προεκλαμψίας (αυξημένης αρτηριακής
πίεσης) στη μητέρα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης.
2) το μήκος του τραχήλου. Εαν έχει κοντύνει αρκετά (<25 mm), αυξάνεται ο κίνδυνος για
πρόωρο τοκετό.